Интересный факт: сцена в Godot — это просто дерево нод

В Godot нет отдельной «магии префабов» поверх мира. Сцена — дерево нод. Любую сцену можно вставить в другую как ноду.

Персонаж, UI, пуля, целый уровень — одна и та же идея: маленький граф, который инстансится где нужно.

Если проект растёт хаотично, почти всегда помогает вопрос: какое дерево я сейчас собираю, и не стоит ли вынести кусок в отдельную сцену.